أبدع الدرجيني منهجًا جديدا في كتابة السيرة الإباضية، وهو منهج الطبقات، إذ وضع في ذلك مؤلَّفه المشهور: «طبقات المشايخ بالمغرب». في جزأين، وجعل كلَّ طبقة خمسين سنة، بدأ بالطبقة الثانية (50ه 100ه/670-718م)، ولم يتكلَّف الكتابة في الطبقة الأولى، لأنها في اعتقاده أشهر من أن يضيف إليها شيئا، ولذلك جاء أبو القاسم البرادي بعده بقرنين تقريبًا (حي 810ه /1407م) ليكتب: «الجواهر المنتقاة فيما أخلَّ به كتاب الطبقات».
وهو من وراء كتابه هذا يهدف إلى تبيين أنَّ هذا الدين ورد إلينا بالتواتر، جيلا عن جيل، وطبقة عن طبقة.