كتاب ما أخفاه العلمانيون من تاريخ مصر الحديث تأليف معتز زاهر.. وهو من أهم المؤلفات الفكرية التي قدمها الكاتب، حيث سلط الضوء على ما فعله المؤرخون والعلمانيون من طمس المعالم الإسلامية في تاريخ مصر خصوصًا فترة القرن الثامن عشر والتاسع عشر، وذلك لإثبات امتداد تاريخي لأفكارهم العلمانية، وبالتالي يكون لديهم الحجة للقول بأن مصر علمانية منذ القدم.
يتناول الفصل الأول من الكتاب: مصر الإسلامية في القرن الثامن عشر، والفصل الثاني حول الجهاد الإسلامي ضد الفرنسيين، والفصل الثالث عن حقيقة أسطورة محمد علي، والفصل الرابع عن رفاعة الطهطاوي الذي سرقه العلمانيون، والفصل الخامس عن الحركة العرابية الإسلامية، والفصل السادس يسلط الضوء عن ما أُخفي من فكر الزعيم مصطفى كامل.