برز اسم محمّد أحمد خلف الله سنة 1947 إثر مناقشة رسالته للدكتوراه عن الفنّ القصصي في القرآن الكريم تحت إشراف أستاذه في التفسير بجامعة فؤاد الأوّل، القاهرة حاليًّا، أمين الخولي، حيث أثارت هذه الرسالة ردود فعل عديدة رافضة لما جاء فيها وصلت حدّ التكفير، إذ اعتبرت ما أتى به خلف الله تقويضًا لقداسة النص القرآني ونزعًا لصبغته الإلهيّة، وقد بلغ الأمر إلى درجة تكوين لجنة خاصة أعادت النظر في محتوى الرسالة وانتهت برفضها ومطالبة صاحبها بإعداد رسالة أخرى.
إلاّ أنّ محمّد أحمد خلف الله لم يرضخ للحملة التي قامت ضدّه وضدّ أستاذه، وقام بنشر رسالته سنة 1953 لتتوالى من ثمّ طبعاتها مرّات عدّة.
ومحمّد أحمد خلف الله من تلاميذ الأزهر وكلية الآداب بالقاهرة حيث تحصّل على الإجازة سنة 1939، وقد تخصّص في الدراسات القرآنيّة وتحصّل على درجتي الماجستير والدكتوراه، ومن أبرز أساتذته نذكر طه حسين ومصطفى عبد الرازق وأحمد أمين، فضلاً عن المشرف على أطروحته الشيخ أمين الخولي، الذي وجّهه نحو الاهتمام بالجانب اللغوي والبياني في بحثه مع الاستفادة من علمي الاجتماع والنفس، ومن مؤلّفات محمّد أحمد خلف الله نذكر:
القرآن ومشكلات حياتنا المعاصرة، والقرآن والدولة، والقرآن والثورة الثقافيّة، وهكذا يبنى الإسلام، ومحمّد والقوى المضادة وهو في الأصل نصّ رسالته لنيل درجة الماجستير، وكان عنوانها الأصلي جدل القرآن، والأسس القرآنيّة للتقدّم، ومفاهيم قرآنيّة، وغيرها من المؤلفات.
وقد شغل محمّد أحمد خلف الله وظائف التدريس بكليّة الآداب، ومعهد الدراسات العربيّة التابع لجامعة الدول العربيّة، وعمل وكيلاً لوزارة الثقافة المصريّة.