يأتي الجزء الثاني مِن كتاب الأديان والمذاهب بالعراق حافلاً بالمذاهب الإسلامية العراقية الحيَّة؛ نشأة كل منها، ثم تطورها عبر التَّاريخ ومؤثرات السِّياسة عليها، وما بينها مِن تعايش وتكاره. جرى الحديث عن الوجود الشِّيعي بالعراق، خلاصة خمسة عشر قرناً، وماهو دوره في السياسة، حتى تطورات ما بعد نيسان أبريل 2003كذلك حفل هذا الجزء مِن الكتاب بدراسة المذهب الحنفي، منذ بداية ظهور مقالات أبي حنيفة الفقهية، والنزاع بين هذا المذهب وبقية المذاهب السُّنية، أشار المؤلف إلى تميز المذهب الحنفي عن بقية المذاهب، من ناحية انفتاحه وتسامحه، تجاه أهل الأديان، ثم تعقبه دراسة المذهب الشَّافعي فالمذهب الحنبلي. كذلك تضمن هذا الجزء بحثاً عن السلفية العراقية، وكيف انتعشت في ظل الحملة الإيمانية. مع التعمق في العلاقة بين المذاهب، في أوجه الإقصاء وأوجه اللقاء، منذ النشأة وحتى بعد (2003)، جرت الدراسة مِن الجانب التاريخي التراثي والجانب الاجتماعي الماضي والحاضر.